TVBQGVN được tổ chức thành 3 khối: Tham Mưu, Văn Hóa Vụ, Quân Sự Vụ.

Khối Văn hóa vụ được hình thành kể từ khi Tổng Thống Việt Nam Cộng Hòa Ngô Ðình Diệm ký Nghị định thành lập Trường Võ Bị Quốc Gia vào tháng 7 năm 1959, và cho áp dụng một chương trình huấn luyện 4 năm bao gồm cả hai phương diện quân sự và văn hóa tại Quân trường này. Nghị định này đặt sự giáo huấn của trường Võ Bị Quốc gia ngang hàng với các trường Ðại học Sài gòn, Huế và Ðà Lạt.

Do sự tái phát cuộc chiến tranh Quốc-Cộng nên từ tháng 8 năm 1962, trường VBQGVN tạm ngưng chương trình 4 năm và cho áp dụng chương trình huấn luyện thời chiến được rút gọn còn 2 năm để đáp ứng nhu cầu của quân đội trong tình hình khẩn trương.

Vào ngày 13 tháng 12 năm 1966, Thủ tướng Chinh phủ ký Nghị định tái thiết lập chương trình 4 năm bắt đầu áp dụng cho khóa 22 trở về sau và từ đó Sinh viên trường VBQGVN có trình độ học vấn tương đương với bất cứ trường Ðại học 4 năm nào khác tại Việt Nam.

Chương trình văn hóa tại trường VBQGVN được chia đều trong 4 năm gồm các môn học về khoa học thuần túy, khoa học ứng dụng và nhân văn xã hội. Trong khoa học thuần túy - toán học, vật lý và hóa học - Sinh viên học, suy nghĩ và tìm hiểu lý do, phân biệt những yếu tố căn bản để suy luận và tìm ra kết luận cho vấn đề. Những môn học này cung cấp căn bản hiểu biết vững vàng cho Sinh viên để có thể tiến tới trong khoa học áp dụng và chuẩn bị cho họ xử dụng khả năng trong các công tác kiến thiết quốc gia.

Những lớp học về kỹ sư cầu cống, xa lộ và phi trường, bản đồ, khảo sát được hoạch định phát huy khả năng các chuyên gia để có thể hình thành bản đồ cho quốc gia, khảo sát và xây cất xa lộ, đường xe lửa, phát triển và bảo trì thương cảng và kiến thiết và sửa chữa cầu cống. Trong môn học về kỹ thuật điện, ngoài việc học về nguyên tắc căn bản của máy thu thanh, xe cộ và vũ khí, Sinh viên còn được mở mang sự hiểu biết để có thể giúp họ phụ trách về các công dụng điện khí trong nước.

Vào khoảng 40% chương trình văn hoá chú trọng về các môn nhân văn và xã hội học. Các môn học có giá trị trực tiếp và hướng dẫn sinh viên đi sâu vào sự hiểu biết về thế giới và phát triển văn hóa dân tộc.

Về tổ chức, ngoài Phòng Ðiều Hành phụ trách về công tác hành chánh, Khối Văn hoá vụ được chia thành 9 khoa như sau:

 - Khoa Sinh Ngữ
- Khoa Nhân Văn
- Khoa Khoa học Xã hôi
- Khoa Toán
- Khoa Khoa học
- Khoa Cơ khí

 - Khoa Công chánh
- Khoa Kỹ thuật điện
- Khoa Kỹ thuật Canh nông

Việc giảng dậy được hỗ trợ hữu hiệu bằng những phương tiện hiện đại tại:

- Thư viện
- Phòng Thinh thị Anh ngữ
- Phòng Thí nghiệm Hóa học
- Phòng Thí nghiệm Vật lý
- Nhà Thí nghiệm nặng
- Nhà in Sách Giáo khoa

Mỗi năm học của SVSQ được chia làm hai mùa: Mùa văn hóa và Mùa quân sự. Mùa văn hóa từ tháng 3 cho đến giữa tháng 12 và Mùa quân sự kéo dài từ giữa tháng 12 đến tháng 3.

Mỗi mùa Văn hóa được chia ra làm hai lục cá nguyệt. Mỗi lục cá nguyệt có 3 giai đoạn, và mỗi giai đoạn kéo dài 6 tuần lễ. Có bài sát hạch hàng tuần, cuối giai đoạn, cuối lục cá nguyệt và cuối mùa Văn hóa. Mỗi lớp học Văn Hóa chỉ gồm 16 SVSQ, 4 toán SVSQ cùng học một đề tài cùng một giờ do 4 giảng viên đảm trách.

Giáo sư đoàn gồm 160 Sĩ Quan Quân Lực Việt Nam Cộng hòa, cấp bậc từ Chuẩn úy đến Trung tá tốt nghiệp từ các trường Ðại học trong nước hoặc ngoại quốc. Ngoài ra còn một số nhỏ là giáo sư dân chính. Tất cả đều có văn bằng cử nhân hay kỹ sư, khoảng 30% đã tốt nghiệp ở Hoa Kỳ với bằng MA hay MS.

Hội Ðồng Văn Hóa gồm Văn Hóa Vụ Trưởng, các Trưởng Khoa, Quân Sự Vụ Trưởng dưới quyền chủ toạ của Chỉ Huy Trưởng TVBQGVN. Cuối năm học, Hội Ðồng Văn Hóa duyệt xét trình độ học tập của SVSQ để quyết định việc cho lên lớp hay ở lại lớp của từng SVSQ. Trong 4 năm học, SVSQ chỉ được phép ở lại lớp một lần. Khi ra trường, ngoài cấp bậc Thiếu úy, SVSQ còn được cấp phát văn bằng Cử Nhân Khoa Học Ứng Dụng được Bộ Quốc Gia Giáo Dục Việt Nam Cộng Hòa và các trường đaị học Hoa Kỳ thừa nhận.

                       Lễ ký Văn bằng tốt nghiệp CỬ NHÂN KHOA HỌC ỨNG DỤNG.